鞘氨醇單胞菌屬是一類豐富的新型微生物資源，可用于芳香化合物的生物降解。該屬菌株憑借自身的高代謝能力與多功能的生理特性，在環(huán)境保護(hù)及工業(yè)生產(chǎn)方面具有巨大的應(yīng)用潛力。但是由于對鞘氨醇單胞菌的認(rèn)識較晚，該菌的生態(tài)價值及經(jīng)濟(jì)價值很少被關(guān)注，對其的研究也停留在初級階段。
一、基本特征
1990 年日本學(xué)者Yabuuchi 等首次提出鞘氨醇單胞菌屬，將Holmes 等1977 年從醫(yī)院臨床樣本中分離描述的Pseudomonas paucimobilis菌種重新命名為Sphingomonas paucimobilis，且鑒定其為鞘氨醇單胞菌屬的典型菌種，并描述了該屬的生理生化特性。Takeuchi 等于1993 年對此作了修正。根據(jù)16S rRNA 序列比較，鞘氨醇單胞菌屬于變形細(xì)菌的4 亞類。該屬的菌株均為革蘭氏陰性菌，無孢子，以單側(cè)生極性鞭毛運動，多呈黃色，專性需氧且能產(chǎn)生過氧化氫酶．除開菊粉外，鞘氨醇單胞菌可將戊糖、己糖及二糖轉(zhuǎn)變成酸。菌體內(nèi)主要的呼吸鏈為泛醌Q-10，細(xì)胞脂中的脂肪酸以18：1和2OH14：0為主．DNA的G+C含量在61．6% -67．8%之間。細(xì)胞膜內(nèi)的糖鞘脂成分是鞘氨醇單胞菌，這是區(qū)別于其它典型革蘭氏陰性菌的重要特征。
由于鞘氨醇單胞菌對芳香化合物有極為廣泛的代謝能力，并且該菌屬某些菌種能夠合成有價值的胞外生物高聚物。因此，鞘氨醇單胞菌近年來成為被關(guān)注和研究的熱點。
二、研究進(jìn)展
1、降解特性
鞘氨醇單胞菌在環(huán)境中無處不在，河水、根際、地表及深層的地下的沉積物、海洋，甚至極地土壤中都有它們的蹤跡。大量的已經(jīng)從環(huán)境中分離出來。鞘氨醇單胞菌的降解特性型生物質(zhì)聚合體等的降解都有相關(guān)。在多環(huán)芳烴(PAHs)及六六六(HCH)異構(gòu)體的降解方面，鞘氨醇單胞菌有著獨特的優(yōu)勢。S．yanoikuyaeB1菌株可以降解單環(huán)芳烴、聯(lián)苯、取代芳香化合物及PAHs，是鞘氨醇單胞菌屬的模式菌株．B1菌株代謝單環(huán)芳烴，如二甲苯與甲苯是采取TOL一質(zhì)粒代謝途徑；苯甲酸則通過meta一斷裂途徑代謝生成乙醛和丙酮酸鹽，如圖1所示。盡管很多微生物都可以降解HCH的異構(gòu)體—HCH，但是只有S．japonicum UT26對·HCH的降解途徑研究最為詳細(xì)。 —HCH降解的最重要的步驟為脫氯反應(yīng)，如圖2所示：．y—HCH降解成2，5-二氯對苯二酚(2，5-DCHQ)涉及到上游途徑，2，5-二氯對苯二酚的繼續(xù)降解屬于下游途徑。此外，鞘氨醇單胞菌還能夠降解蒽醌染料及其中間體。
2、分類學(xué)研究
隨著微生物群落解析技術(shù)的發(fā)展，鞘氨醇單胞菌的分類學(xué)研究也經(jīng)歷了3個階段。第一階段是利用傳統(tǒng)的培養(yǎng)分離方法，即通過形態(tài)學(xué)、培養(yǎng)及生理生化特征的比較來鑒定分類鞘氨醇單胞菌。但是，由于鞘氨醇單胞菌的表型特征與其它菌種的相似性，很容易被誤歸屬于其他菌屬，因此該法逐漸被第二階段的生物標(biāo)記物分類法所取代。生物標(biāo)記物分類法是通過提取微生物特有的化學(xué)成分(即生物標(biāo)記物)，經(jīng)定性定量分析來確定微生物歸屬的分類方法。根據(jù)鞘氨醇單胞菌的自身特征，逐漸形成了幾種獨特的生物標(biāo)記物分類方法，即：顏色分析，呼吸醌系統(tǒng)分析，聚胺模式分析以及極脂和脂肪酸外形分析。
3、顏色分析
鞘氨醇單胞菌屬的大多數(shù)菌株都呈黃色，這種色素用丙酮極易提取，通常在452 nm與480 nm處有特征吸收峰。S．paucimobilis的黃色色素被鑒定為nostoxan—thin．相比之下，S．yanoikuyae菌株含有更少的色素，RW1與Alcaligenes sp．A175菌株不含色素。近年來，研究者也分離出一些橙色的鞘氨醇單胞菌。因此，黃色不能作為鞘氨醇單胞菌屬特有的特征，應(yīng)該與其它分析方法結(jié)合使用。
4、呼吸醌系統(tǒng)分析
呼吸醌是細(xì)胞膜中起電子傳遞作用的組成成分，主要有兩類呼吸醌：泛醌(輔醌Q)及甲基萘醌(維生素K)。每一種微生物都含有一種占優(yōu)勢的醌，對鞘氨醇單胞菌屬物種的呼吸醌系統(tǒng)分析發(fā)現(xiàn)：它們均含側(cè)鏈上有10個類異戊二烯基團(tuán)的泛醌Q．10．雖然這個特征并不局限于鞘氨醇單胞菌，在變形細(xì)菌僅亞綱的大多數(shù)菌種中也含有，但是從鞘氨醇單胞菌屬呼吸醌系統(tǒng)的同源性來看，可能所有的鞘屬成員均含有泛醌Q一10 。
5、聚胺模式及極脂、脂肪酸外形分析
在鞘氨醇單胞菌屬中，已觀察到兩種主要的聚胺模式：一種模式是含有大量的三胺合亞精胺及少量可變的腐胺、亞精胺以及精胺；在第二種模式中主要的聚胺為三胺亞精胺和少量的腐胺與精胺。這兩種模式把鞘氨醇單胞菌屬分成了兩大類，第一種模式只存在于Cluster I及RW1與A175菌株中，第二種模式存在于剩余的菌株中(圖3)。極脂和脂肪酸外形分析表明：所有的鞘氨醇單胞菌的極脂中均含有磷脂酰乙醇胺(PE)、磷脂酰甘油(PG)、雙磷脂酰甘油(DPG)和神經(jīng)鞘糖脂(SGL)。細(xì)胞脂中的脂肪酸以18：1和20H14：0為主。Busse等研究發(fā)現(xiàn)，聚胺模式與醌系統(tǒng)的分析僅適用于鞘屬菌株的初步鑒定，相比之下，極脂和脂肪酸外形的分析對于建立在檢測鞘氨醇糖脂類物質(zhì)親屬80%水平上的鑒定是一種較好的方法．通常，當(dāng)這兩類方法結(jié)合使用時就可以從物種水平上鑒定鞘氨醇單胞菌。
但是生物標(biāo)記物分類方法仍然存在一定的局限性，隨著分子生物學(xué)的發(fā)展，現(xiàn)代分子生物學(xué)分類法逐步成熟，鞘氨醇單胞菌的分類學(xué)研究進(jìn)入了第三階段．因此，根據(jù)鞘氨醇單胞菌屬及一些一變形細(xì)菌物種的16S rRNA序列的比較，鞘氨醇單胞菌屬的物種至少可以分為4個簇。
6、降解酶與基因的研究
芳香化合物的好氧降解途徑中，芳環(huán)羥化雙加氧酶與斷裂雙加氧酶被認(rèn)為是最關(guān)鍵的酶，它們關(guān)系到化合物的可降解性與可降解程度。Gibson等副研究認(rèn)為，雙加氧酶是多組分且依賴于NADH的酶系，由Fe—S黃素蛋白、鐵氧還原蛋白及Rieske型Fe—S氧化酶三部分組成。
對細(xì)菌中有關(guān)多環(huán)芳烴(PAHs)降解的基因，研究最多的是降解萘與菲的假單胞菌的基因。利用萘或菲的不同菌屬及菌種的PAHs降解基因間，常常有較高的同源性，尤其是那些編碼雙加氧酶組分的基因．由于鞘氨醇單胞菌能同時利用高分子量及低分子量的芳香化合物，因此，近年來被認(rèn)為是一類具有代謝多樣性的微生物資源。對降解PAHs的鞘氨醇單胞菌的遺傳學(xué)進(jìn)行研究，可以更好地解釋鞘氨醇單胞菌能夠在各種芳香化合物中生長的原因。在一些鞘氨醇單胞菌中，與PAHs降解有關(guān)的基因的序列明顯的相似，但是這些基因不同于先前描述的假單胞菌中的基因。利用S．yanoikuyaeB1菌株的PAHs缺失突變株協(xié)助基因鑒定，發(fā)現(xiàn)幾個突變株累積了二氫二醇且脫氫酶基因的表達(dá)受到阻礙．兩種類型的間位斷裂雙加氧酶在相反的方向被轉(zhuǎn)錄，表明一個問位斷裂雙加氧酶是在上游途徑中起作用，而另一個在下游途徑起作用，這與先前報道的假單胞菌屬中萘的上下游途徑的操縱子類似。此外，在B1的染色體中發(fā)現(xiàn)了一個類似于假單胞菌TOL的操縱子，雖然這個基因的排列不同于TOL質(zhì)粒，但是B1與假單胞菌的TOL基因擁有高度的核酸同源性。S．a(chǎn)romaticivorans F199是從深層地下分離出的鞘氨醇單胞菌的典型代表，其184 kb大小的代謝質(zhì)粒PNL1的序列已經(jīng)獲得，大約DNA的一半序列編碼的基因用于芳族的代謝、芳族的轉(zhuǎn)運及解毒(例如：谷胱甘肽一s一轉(zhuǎn)移酶)，而另一半編碼用于質(zhì)粒的復(fù)制、接合、轉(zhuǎn)移與維持 J．F199質(zhì)粒DNA的基因序列和次序與Bl菌中降解PAHs操縱子上的染色體具有很大的保守性。此外，根據(jù)所推測的氨基酸序列，F(xiàn)199中有關(guān)芳族轉(zhuǎn)化的酶已經(jīng)從假單胞菌中脫離，而且可能部分解釋鞘氨醇單胞菌的代謝多樣性．近來的遺傳學(xué)同源性研究發(fā)現(xiàn)，從地下土壤分離到的菌株Bl中的聯(lián)苯及間二甲苯降解的基因與5個深層地下分離菌株(F199、B0522、B0695、B0478、B0712)的基因很相似。但是，地下菌株的降解基因位于染色體上，而深層地下菌株的降解基因卻是在質(zhì)粒上．有關(guān)降解高分子量PAHs的鞘氨醇單胞菌的基因很少有報道。低分子量的PAHs，如萘，能夠很容易地被細(xì)菌降解，但是更頑固的高分子PAHs，其生物降解途徑研究甚少，但是已經(jīng)證明了它們的初步代謝是由雙加氧酶催化完成的。Sandrine等研究了屈降解菌S．CHY一1中有關(guān)PAHs的降解酶，對編碼兩個芳環(huán)羥化雙加氧酶(Phn I和Phn lI)的基因測序發(fā)現(xiàn)：兩個不同基因座上的共簇代謝基因與F199中相應(yīng)的基因相似性很高，單一酶Phn I可能與CHY一1代謝PAHs的最初步驟有關(guān)。
7、鞘脂的研究
鞘脂是鞘氨醇與脂肪酸形成的脂，廣泛存在于哺乳動物及某些細(xì)菌與真菌的細(xì)胞膜內(nèi)。已經(jīng)形成一些從菌體中提純鞘脂的較為成熟的方法．鞘氨醇單胞菌含有不同尋常的包膜，即在外膜中不存在其它革蘭氏陰性菌中的脂多糖，而是存在糖脂類物質(zhì)．研究發(fā)現(xiàn)這些糖脂是由二氫鞘氨醇、2一羥基脂肪酸和葡萄糖醛酸組成，鞘氨醇單胞菌也由此而得名。后來通過核磁共振波譜及化學(xué)分析最終證明了這種糖脂是一種鞘糖脂，其結(jié)構(gòu)如圖4所示。由于鞘氨醇極易水解的特性加大了其檢測難度，有學(xué)者曾通過改進(jìn)的分析純化方法檢測到了鞘糖脂組分的化學(xué)結(jié)構(gòu)，并探明所有的鞘菌屬中鞘糖脂-1(C-SL-1)是外膜結(jié)構(gòu)的主要成分。
此外，Kawahara等研究了少動鞘氨醇單胞菌(s pauci—mobilis)的細(xì)胞膜結(jié)構(gòu)及其鞘糖脂的功能．結(jié)果發(fā)現(xiàn)：由于鞘氨醇單胞菌不同于其它革蘭氏陰性菌的細(xì)胞膜的特征，其形成的疏水表面更益于這些細(xì)菌在生態(tài)環(huán)境中的存活及芳香化物的攝取。更有研究指出，盡管脂多糖與鞘糖脂在細(xì)節(jié)上有所不同，但是作為抗原表面結(jié)構(gòu)及外膜結(jié)構(gòu)的組成部分它們的功能基本相似。由于鞘脂的含量在菌屬及菌種之間是不同的，因此該組分也作為生物標(biāo)記物輔助其它方法用于鑒定和分類鞘氨醇單胞菌。
8、產(chǎn)生物高聚物的研究
許多細(xì)菌細(xì)胞表面能產(chǎn)生多糖，它們或者吸附在細(xì)胞膜表面作為脂多糖(LPS)的O-抗原，或者在細(xì)胞周圍形成莢膜，又或者作為胞外多糖(EPS)完全分泌出去．微生物的EPS是一種長鏈的高分子聚合物，其獨特的物理學(xué)和流變學(xué)特性以及使用安全性使它在食品和其它工業(yè)中倍受青睞。鞘氨醇單胞菌因能產(chǎn)生胞外生物高聚物而被廣泛關(guān)注。據(jù)報道，有些少動鞘氨醇單胞菌能夠產(chǎn)生結(jié)凍膠類胞外多糖。結(jié)凍膠憑借自身的酸穩(wěn)定性及結(jié)構(gòu)的多樣性可以取代瓊脂并被廣泛應(yīng)用于食品及生產(chǎn)工業(yè)中。研究工作主要集中在如何提高結(jié)凍膠的產(chǎn)量并實現(xiàn)工業(yè)化生產(chǎn)。研究表明，Xanthomonas campestris菌種能產(chǎn)生另一種重要的胞外聚合物——黃原膠，同時找到了編碼該反應(yīng)的12個共簇染色體基因。Pollock等利用基因重組技術(shù)將這些基因植入鞘氨醇單胞菌體中實現(xiàn)了黃原膠在鞘屬菌內(nèi)的合成，這些黃原膠在結(jié)構(gòu)及功能上與天然黃原膠并無太大區(qū)別。以上研究證明，通過細(xì)菌間基因的相互轉(zhuǎn)移就可以實現(xiàn)胞外聚合物的生產(chǎn)，同時也表明在非宿主中合成黃原膠及其他胞外聚合物的技術(shù)可行性。
9、結(jié)論與展望
芳香化合物是環(huán)境中的常見污染物，利用生物方法去除這類污染物是較有前景的手段．鞘氨醇單胞菌的廣泛分布、其對復(fù)雜結(jié)構(gòu)的難降解芳香化合物的特異作用，以及在生物聚合物的生產(chǎn)方面的優(yōu)越性使其受到越來越多的關(guān)注。但是由于對其認(rèn)識較晚，對鞘氨醇單胞菌的研究多數(shù)停留在初級階段，主要的報道多集中在該菌屬菌株的分離，降解途經(jīng)、降解條件優(yōu)化以及降解產(chǎn)物的分析等方面，而芳香化合物降解的酶系及相關(guān)基因的涉及仍然較少，尤其是高分子量芳香化合物的降解基因。結(jié)合國際相關(guān)研究，以下幾個方面仍有待于今后進(jìn)一步探討。
(1)胞外聚合物的生產(chǎn)中，脫去膠中的蛋白是純化膠類聚合物的技術(shù)阻礙，現(xiàn)常用的Sevag法、堿性蛋白酶法、木瓜蛋白酶與中性蛋白酶法各有一定的局限性．因此，開發(fā)高效的脫蛋白方法可確保聚合膠的質(zhì)量，同時尋找鞘氨醇單胞菌生產(chǎn)聚合膠的功能基因，并表達(dá)以實現(xiàn)大規(guī)模生產(chǎn)；
(2)作為鞘氨醇單胞菌的重要特征組成——鞘脂在污染物代謝方面的生理意義有待研究；
(3)鞘氨醇單胞菌在生物降解過程中相關(guān)功能基因的克隆、表達(dá)，利用生物技術(shù)手段構(gòu)建高效的遺傳工程菌并應(yīng)用于環(huán)境污染的治理。此外，有些少動鞘氨醇單胞菌的會引起布水管道腐蝕及作為感染植物病原體的現(xiàn)象都應(yīng)引起研究者的關(guān)注。隨著對該菌屬生理生態(tài)潛能的深入研究，鞘氨醇單胞菌將有著廣闊的應(yīng)用前景。
